区水利局设6个内设机构。

（一）办公室

    负责党务、政务等日常工作。负责文电、会务、机要、档案、信息、安全、信访、保密、综治、督办查办工作，负责组织、宣传、计划生育、精神文明、人事劳资、机构编制、工会、青年团、妇联、老干部、电子政务、新闻发布等工作，负责对外水利经济、技术合作与交流，承担机关后勤保障和综合协调工作；负责部门预决算的编制和预算执行工作，负责全区水利专项资金监管和水利收费工作；负责局机关财务，水利系统国有资产、会计事务监管和内部审计工作。

（二）纪检监察室

负责局机关及局属单位的纪检监察工作。

（三）农村水利股

组织协调全区农田水利基本建设；负责农村饮水安全工程实施和运行管理、小型农田水利设施建设和管理等工作；负责全区水井凿井管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设和农村水利技术推广，负责推进中型灌区续建配套与节水改造项目实施。

（四）防汛和工程管理股（水利工程质量监督股）

负责对河流、水库和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；组织协调台风、山洪等灾害防御工作，指导农村抗旱工作。负责水利设施、水域及其岸线的管理和保护；负责采砂许可审批；负责河道、水库岁修及险工治理计划的编制上报、建设管理工作；组织编制水库运行调度规程，指导水库、大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理工作；负责水利工程建设管理和安全生产工作。组织实施水利工程质量安全监督，指导水利行业供水工作；拟订全区水利发展战略规划，组织水利综合规划、防洪规划和专项规划的编制工作；负责组织水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计的申报工作；组织拟订全区中长期水供求计划；负责全区水利综合统计和分析工作，监督实施水利行业技术标准、规程规范；负责按照水利工程建设与管理制度组织区级水利工程建设与验收。

（五）水政水资源股（水土保持股）

负责全省最严格水资源管理制度考核的落实工作。负责全区水政监察、水行政执法和涉水违法事件的查处工作；承担水事纠纷调处工作；负责水利普法教育工作；承办水行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作；组织落实用水总量控制、取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；拟订水量分配方案、水功能区划并监督实施；负责河流水库和重要水工程的水资源调度；组织编制水资源保护规划；监督、指导饮用水水源保护工作；指导城市供水水源规划和城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；核定水域纳污能力，审查入河排污口的设置，提出限制排污总量的建议；指导全区水生态文明建设和节水型社会建设工作；负责计划用水和节约用水工作；组织编发南阳市卧龙区水资源公报；负责全区水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；对有关法律、法规的执行情况实施监督；负责生产建设项目水土保持方案审批并监督实施。

（六）水产股

拟订全区渔业发展规划和技术进步措施；保护和合理开发利用渔业资源；指导渔业标准化生产和健康养殖；负责水生动植物病害防控工作；负责水生动物防疫检验工作；负责渔业水域生态环境及水生野生动植物保护；指导水产品加工流通，对水产品质量标准的执行情况进行监督检查；负责渔事纠纷处理工作；负责监督管理全区渔船、渔机、网具；行使渔船检验和渔政监督管理权；负责渔业安全生产工作。指导水域综合治理、开发利用及水利旅游、水利风景区、水库养殖等工作。