(一)负责保障水资源的合理开发利用，拟订全区水利发展战略规划。组织编制流域、区域综合规划、防洪规划等水利规划。按规定制定水利工程建设有关制度并监督实施,负责提出水利固定资产投资规模和方向、国家及省市区财政性资金安排的意见,按规定的权限审批、核准规划内和年度计划规模内固定资产投资项目。提出水利建设投资安排建议并组织实施。
(二)负责生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。实施全区水资源统一监督管理,拟订全区水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施,组织开展水资源调查评价工作,承担水能资源的调查工作,负责河流水库和重要水工程的水资源调度,组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和水资源论证、防洪论证制度以及水资源费征收使用制度。指导水利行业和乡镇供水工作。
(三)负责水资源保护工作。组织编制全区水资源保护规划,拟订水功能区划并监督实施,核定水域纳污能力,提出限制排污总量的建议,指导饮用水水源保护工作,指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。协调、监督、指导水文工作。
(四)负责防治水旱灾害,承担南阳市卧龙区防汛抗旱指挥部的具体工作。组织、协调、监督、指挥全区防汛抗旱工作,对河流水库和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度,编制全区防汛抗旱应急预案并组织实施。指导水利突发公共事件的应急管理工作。
(五)负责节约用水工作。贯彻执行国家节约用水法律法规和相关政策，编制节约用水规划,制定有关标准,组织、管理、监督节约用水工作,指导和推动节水型社会建设工作。
(六)编制、审查、申报全区中小型水利基本建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计。
(七) 拟订全区渔业发展规划、发展战略、中长期规划并组织实施。会同有关部门处理渔事纠纷,行使渔船检验和渔政、渔港监督管理权。负责保护渔业水域生态环境。
(八)负责全区水利设施、水域及其岸线的管理和保护,指导河流水库及滩地的治理和开发。指导并组织实施水利工程建设与运行管理。
(九)负责防治水土流失。拟订全区水土保持规划并监督实施,组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告,负责有关建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作,指导区水土保持建设项目的实施。
(十)指导农村水利工作。组织协调农田水利基本建设,指导并组织实施农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理工作,指导农村水利社会化服务体系建设。
(十一)负责涉水违法事件的查处,指导并组织实施全区水政监察和水行政执法,协调、仲裁并处理全区水事纠纷。依法负责水利行业安全生产工作,组织、指导水库、水电站大坝的安全监管。指导水利建设市场的监督管理,组织实施水利工程建设的监督。
(十二)开展全区水利科技和外事工作。指导全区水利队伍建设。组织实施水利行业质量监督工作,监督实施全区水利行业的技术标准、规程规范。承担水利统计工作。组织开展对外水利经济技术合作与交流。
(十三)负责水利风景区的建设和定理。
(十四)承办区政府交办的其他事项。
根据上述职责,区水利局设5个内设机构。
(一)办公室（财务股）
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作;承担文明单位创建、信息、宣传、保密、计生、综治、安全生产、信访、政务公开、新闻发布工作;承担机关财务管理工作。负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资和职工教育培训工作;指导直属单位职工养老保险和统筹工作；指导水利行业职工队伍建设。负责机关离退休干部工作,指导局属单位的离退休干部工作。负责机关和局属单位纪检监察工作。负责机关和局属单位的党群工作。负责部门预决算的编制和执行;指导机关和局属单位的财务管理工作;指导全区水利资金监管和水利价格、收费工作;负责局属单位国有资产监管、会计事务管理和水利行业内部审计工作。
(二) 农村水利股
组织协调全区农田水利基本建设,监督指导、组织实施农村饮水安全、排水、节水灌溉及雨洪资源利用等工程建设与管理;负责全区水井凿井管理工作,指导农村水利社会化服务体系建设。
(三) 防汛工管股(规划计划股)
负责对河流、水库和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；组织协调台风、山洪等灾害防御工作，指导城市防洪工作；负责水利设施、水域及其岸线的管理和保护; 负责河道管理范围内建设项目和治理工程建设方案审批;监督、检查、指导河道采砂管理;负责河道、水库岁修及险工治理计划的编制上报、建设管理工作；组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站、大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与确权划界工作。指导水利水电工程建设管理和安全生产工作。拟订全区水利发展战略规划,组织编制水利综合规划、防洪规划和专项规划;负责组织水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计的编制、审查申报工作;组织拟订全区中长期水供求计划;承担水工程建设规划项目合规性审批;负责全区水利综合统计和分析工作。
(四) 水政水资源股
拟订全区水利法制建设规划和起草有关规章制度并监督实施;负责全区水政监察、水行政执法和涉水违法事件的查处工作;承担水事纠纷调处工作;指导普法教育工作;承办机关行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作;组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度;组织水资源调查、评价和监测工作;指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施;组织编制水资源保护规划;指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市雨洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作;核定水域纳污能力,审查入河排污口的设置,提出限制排污总量的意见;负责计划用水和节约用水工作;负责水资源费和超计划用水加价水费征收工作；组织编发南阳市卧龙区水资源公报。
(五) 水产股
拟订全区渔业发展的规划和技术进步措施;保护和合理开发利用渔业资源;指导渔业标准化生产和健康养殖;组织水生动植物病害防控工作;负责组织实施水生动物防疫检验工作;组织渔业水域生态环境及水生野生动植物保护;指导水产品加工流通,对水产品质量标准的执行情况进行监督检查;承担渔事纠纷处理工作;负责监督管理全区渔船、渔机、网具; 依法检验渔业船舶及船用产品，实施船舶登记、发证和船员培训工作；行使渔船检验和渔政监督管理权;负责渔业安全生产。
