根据职责,区水利局设5个内设机构。 (一)办公室（财务股）负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作;承担文明单位创建、信息、宣传、保密、计生、综治、安全生产、信访、政务公开、新闻发布工作;承担机关财务管理工作。负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资和职工教育培训工作;指导直属单位职工养老保险和统筹工作；指导水利行业职工队伍建设。负责机关离退休干部工作,指导局属单位的离退休干部工作。负责机关和局属单位纪检监察工作。负责机关和局属单位的党群工作。负责部门预决算的编制和执行;指导机关和局属单位的财务管理工作;指导全区水利资金监管和水利价格、收费工作;负责局属单位国有资产监管、会计事务管理和水利行业内部审计工作。 (二) 农村水利股组织协调全区农田水利基本建设,监督指导、组织实施农村饮水安全、排水、节水灌溉及雨洪资源利用等工程建设与管理;负责全区水井凿井管理工作,指导农村水利社会化服务体系建设。 (三) 防汛工管股(规划计划股) 负责对河流、水库和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；组织协调台风、山洪等灾害防御工作，指导城市防洪工作；负责水利设施、水域及其岸线的管理和保护; 负责河道管理范围内建设项目和治理工程建设方案审批;监督、检查、指导河道采砂管理;负责河道、水库岁修及险工治理计划的编制上报、建设管理工作；组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站、大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与确权划界工作。指导水利水电工程建设管理和安全生产工作。拟订全区水利发展战略规划,组织编制水利综合规划、防洪规划和专项规划;负责组织水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计的编制、审查申报工作;组织拟订全区中长期水供求计划;承担水工程建设规划项目合规性审批;负责全区水利综合统计和分析工作。 (四) 水政水资源股拟订全区水利法制建设规划和起草有关规章制度并监督实施;负责全区水政监察、水行政执法和涉水违法事件的查处工作;承担水事纠纷调处工作;指导普法教育工作;承办机关行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作;组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度;组织水资源调查、评价和监测工作;指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施;组织编制水资源保护规划;指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市雨洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作;核定水域纳污能力,审查入河排污口的设置,提出限制排污总量的意见;负责计划用水和节约用水工作;负责水资源费和超计划用水加价水费征收工作；组织编发南阳市卧龙区水资源公报。 (五) 水产股 拟订全区渔业发展的规划和技术进步措施;保护和合理开发利用渔业资源;指导渔业标准化生产和健康养殖;组织水生动植物病害防控工作;负责组织实施水生动物防疫检验工作;组织渔业水域生态环境及水生野生动植物保护;指导水产品加工流通,对水产品质量标准的执行情况进行监督检查;承担渔事纠纷处理工作;负责监督管理全区渔船、渔机、网具; 依法检验渔业船舶及船用产品，实施船舶登记、发证和船员培训工作；行使渔船检验和渔政监督管理权;负责渔业安全生产。